Cadre des M21 du FC Bâle, Sébastien Moulin a signé un premier contrat professionnel avec les Rhénans. Le milieu de terrain avait rejoint le mouvement juniors rotblau en 2017 après être passé par les rangs boudrysans et xamaxiens.
Le gaucher de 18 ans et demi s’est engagé avec les Bâlois jusqu’en juin 2024. En Promotion League, Sébastien Moulin, ex-international suisse M15, a été aligné à six reprises en tant que milieu offensif. Il terminera la saison actuelle au sein de cette équipe.